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# 试剂盒参数配置(catridge.json)

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2023-06-28 李响 1.0.0 初版创建
2024-03-05 李响 2.0.0 针对3.4.0.9版本进行文档更新

# 参数结构

catridge.json的文件结构如下所示：

{
    "acquisition_params": [],
    "analysis_type": "Targeted_quant_IS_C",
    "binding_params": {},
    "cartridge_code": "DEV-3203",
    "children": {},
    "description": "",
    "evaluation_params": {},
    "extra_params": {},
    "pre_spray_time": 500,
    "spray_voltage_neg": 3500,
    "spray_voltage_pos": 4500
}
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其中每个节点的用处如下说明：

序号 字段名称 释义 备注
1 acquisition_params 设置具体的 acquisition 参数列表 支持分组，每个分组用[]括起
2 analysis_type 绑定到盒子上分析类型，必须是当前软件支持的 只读，不可随意修改
3 binding_params 绑定物质列表
4 cartridge_code 试剂盒编号，格式为XXX-nnnn，3位大写字母+4位阿拉伯数字 只读
5 children 用于配置该试剂盒下的子试剂盒，没有可以不用配置
6 description 描述试剂盒用途
7 evaluation_params 设置具体的 evaluation参数列表 支持分组，每个分组用[]括起
8 extra_params 设置额外参数，与具体分析流程有关
9 pre_spray_time 设置预喷时间，单位ms
10 spray_voltage_neg 设置负模式下的喷雾电压
11 spray_voltage_pos 设置正模式下的喷雾电压

# 参数说明

# acquisition_params

设置具体的 acquisition 参数列表，支持分组，其内容会因不同的分析类型存在区别。

[
    {
        "_group_": "default",
        "#": "以下配置具体的 acquisition 参数"
    },
    {
        "_group_": "compound_code_1",
        "#": "以下配置具体的 acquisition 参数"
    },
    {
        "_group_": "compound_code_2",
        "#": "以下配置具体的 acquisition 参数"
    }
]
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其中：

  • _group_为分组名称，可以配置为"default"或者binding_params种的compounds配置的物质编码
    • 配置为物质编码：该物质按照下面的配置执行操作
    • 配置为default：配置为物质编码外的其他盒子内绑定物质，按照下面的配置执行操作

备注

default和物质编码需要一起出现，不可以单独配置某个compound而不配置default，也不可以单独只配置default

# binding_params

compounds：待测物质编号列表，多个物质以逗号分隔
compounds_intstd：内标物列表，多个内标物以逗号分隔
tags：待测物的 tag 列表，多个 tag 间以逗号分隔
compound_black_list：待测物黑名单，多个物质间以逗号分隔，此列表中的物质将不参与物质检测

# children

配置子试剂盒信息，如果为空，则表示无子试剂盒。

{
    "msg": "请选择样本类型",
    "items": [
    {
        "code": "DEV-3202",
        "msg": "全血"
    },
    {
        "code": "DEV-3203",
        "msg": "血浆"
    }
    ]
}
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其中

  • msg：用来配置界面显示信息，如图所示
    Alt text
  • items：这里配置每个子盒子的信息
    • code：子试剂盒编码
    • msg：子试剂盒在屏幕上显示的文字内容，如图所示
      Alt text

# evaluation_params

设置具体的 evaluation参数列表，支持分组。

[
    {
        "_group_": "default",
        "#": "以下配置具体的 evaluation 参数"
    },
    {
        "_group_": "compound_code_1",
        "#": "以下配置具体的 evaluation 参数"
    },
    {
        "_group_": "compound_code_2",
        "#": "以下配置具体的 evaluation 参数"
    }
]
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其中：

  • _group_为分组名称，可以配置为"default"或者binding_params种的compounds配置的物质编码
    • 配置为物质编码：该物质按照下面的配置执行操作
    • 配置为default：配置为物质编码外的其他盒子内绑定物质，按照下面的配置执行操作
  • qual_model：设置具体的qual_model，可参考 目标物检测配置 evaluation_params章节的具体描述
  • qual_rules：设置具体的qual_rules，可参考 目标物检测配置 evaluation_params章节的具体描述
  • quant_model：设置具体的quant_model，定量方法配置 evaluation_params章节的具体描述
  • quant_rules：设置具体的quant_rules，定量方法配置 evaluation_params章节的具体描述

注意

evaluation_params 分组配置，仅支持 targeted 及 targeted_quant，不支持 dda。

# extra_params

设置额外参数，其内容与具体分析流程有关。

# 试剂盒配置示例

# 空白定性试剂盒

{
    "XXX-0001":
    {
        "binding_params": {
            "compound_black_list": [
            ""
            ],
            "compounds": [
            ""
            ],
            "tags": [
            ""
            ]
        },
        "acquisition_params": [
        {
        "_group_": "default",
        "method": {
            "average": 1,
            "msn_params": [
                {
                "cid_amp": 0,
                "iso_amp": -1,
                "iso_mz_width": -1,
                "pre_iso_mz_width": -1
                },
                {
                "cid_amp": 0,
                "iso_amp": -1,
                "iso_mz_width": -1,
                "pre_iso_mz_width": -1
                }
            ],
            "scan_mass_end": 1000,
            "scan_mass_start": 50,
            "scan_speed": 1
        },
        "ms1_iso_enabled": 0,
        "ms3_enabled": 1
        }
        ],
        "evaluation_params": {
            "qual_rules": [
            {
                "_group_": "default",
                "neg_threshold": 50,
                "pos_threshold": 70
            }
            ]
        },
        "pre_spray_time": 500,
        "spray_voltage_neg": 3000,
        "spray_voltage_pos": 4500
    }
}
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# 空白定量试剂盒

{
    "xxx-0002": {
        "acquisition_params": [
        {
            "_group_": "default",
            "cycle": 10,
            "dre": {},
            "method": {
                "average": 1,
                "inj_lmco_mz": -1,
                "inj_size": 60,
                "method_type": "MS2",
                "msn_params": [
                    {
                        "cid_amp": 0,
                        "iso_mz_width": 4,
                        "pre_iso_mz_width": 20
                    }
                ],
                "scan_mass_end": 300,
                "scan_mass_start": 50,
                "scan_speed": 1
            },
            "replicate": 1,
            "spectrum_validation": {
                "enabled": 0,
                "tic_validation_range": [],
                "valid_spectrum_max": 5,
                "valid_spectrum_min": 5
            }
        }
        ],
        "binding_params": {
            "compounds": [
                "在此配置待测物编号"
            ],
            "compounds_intstd": [
                "在此配置内测物编号；外标法时，留空即可"
            ]
        },
        "evaluation_params": {
            "quant_rules": [
                {
                    "_group_": "default",
                    "curve_coefs": {
                        "c0": 0,
                        "c1": 1,
                        "c2": 0
                    },
                    "dilution": 1,
                    "lloq": 0.001,
                    "lod": 0.001,
                    "range_exception": {
                        "range": []
                    },
                    "range_ref": [],
                    "uloq": 10000000,
                    "unit": ""
                }
            ]
        },
        "extra_params": {
            "spectrum_info": {
                "设置待测物编号": [
                    {
                        "isotopes": [],
                        "mz": 129.019
                    }
                ],
                "设置内标物编号": [
                    {
                        "isotopes": [
                            {
                                "intensity": 0.06,
                                "mz": 129.019
                            }
                        ],
                        "mz": 128.035
                    }
                ]
            }
        },
        "pre_spray_time": 10000,
        "spray_voltage_neg": 4500,
        "spray_voltage_pos": 4500
    }
}
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# 配置父子试剂盒

{
    "DEV-3201": {
        "analysis_type": "Targeted_quant_IS_C",
        "cartridge_code": "DEV-3201",
        "children": {
            "msg": "请选择样本类型",
            "items": [
                {
                    "code": "DEV-3202",
                    "msg": "全血"
                },
                {
                    "code": "DEV-3203",
                    "msg": "血浆"
                }
            ]
        },
        "description": "开发测试-联合内标定量-正模式: 伏立康唑 - 伏立康唑d3",
    }
}
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