# Algorithm

# 高端质量轴校准流程说明

Date Created: December 10, 2024 10:24 AM
Release Version: v3.6+
Status: Done 🙌

校准的模式：

	normal	high_mass	high_quality	customized
Cell	[50, 1000] scan_speed = 1.0	[[50, 800], [800, 1500]] scan_speed = 0.5	[50, 1000] scan_speed = 0.5	默认：同normal
Gemini	q1: [[50, 800],[800, 1400]] q2: [[50, 800],[800, 1400], [1400, 2000]] scan_speed = 1.0	/	/	默认：同normal

质量轴校准流程说明：目前还是保持3轮校准，为了稳定准确考虑, 只描述最后一轮流程

通过dre(MS1)调整进样量，收到一张Tic合适的谱图
1. 按照每5个质量数(500个点)寻一根峰，最多找出前30根峰
低质量数段的质量轴校准：使用7根校准峰[74, 130, …, 690](455 作为验证质量轴准确度的校验峰)完成校准
1. 穷举两根峰找到标准峰[242, 466]，拉一条直线； $共组线性拟合数据$
2. 遍历所有的峰，选取靠近直线和直线扩展范围[-10, 10] (首轮 [-160, 160]) 的点做线性拟合
  1. 此处可以继承前两轮指认好的峰但是第三轮没有出的峰
3. 从至多435组线性拟合数据中选取包含峰个数最多且相关度最高的一组数据作为校准结果
4. 低端质量轴就是该线性拟合中所有点依次相连的折线，保存到校准结果文件中
  1. 峰位置偏差超过 10 (首轮 [-160, 160]) ，校准失败
  2. 峰质量数于标准峰偏差超过 0.5，校准失败
中质量数段的质量轴校准: 使用新的低质量数段的质量轴和相应的校准峰[922, …, 1322](822 Ultra Mark 不出峰)
1. 低质量数段的质量轴的最后两根校准峰(理想状态为: 578, 690)的直线延长线
2. 遍历所有校准峰[822, 922, …, 1322]，谱图按低质量数段的质量轴计算质量数找到 [-20，20] 最高峰作为对应的峰
3. 将最终结果更新到临时校准结果对象中，用来做下一次校准使用
  1. 有连续两根校准峰没有找到对应的峰，校准失败
高质量数段的质量轴校准: 使用新的中质量数段的质量轴和相应的校准峰[1422, 1522, …, 2022]
1. 中质量数段的质量轴的最后两根校准峰 (理想状态为: 1222, 1322)的直线延长线
2. 遍历所有校准峰[1422, 1522, …, 2022]，谱图按中质量数段的质量轴计算质量数找到 [-20，20] 最高峰作为对应的峰
3. 将最终结果更新到临时校准结果对象中，用来做下一次校准使用
  1. 有连续两根校准峰没有找到对应的峰，校准失败
校准结果校验：
1. 检查校验峰(455.29)的mz偏差，如果大于0.5，则校准失败；
2. 检查标准峰缺失情况：有连续两根峰没有找到对应的峰，校准失败
3. 若校准通过，将最终结果保存到校准结果⽂件中
  1. 校准通过，质量轴对象为新的质量轴，用来做后续的校准和检测
  2. 校准失败，恢复质量轴对象为原来校准前的质量轴，用来做后续的校准和检测

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